- a -

• addObs() : NFtest_ss , NFtest_transcription
• applyDisplacement() : ChemotaxisUtil
• applyRotation() : ChemotaxisUtil

- c -

• convertToDouble() : NFutil
• convertToInt() : NFutil
• createCrossLinkingRxns() : NFtest_tlbr
• createFreeBindingRxns() : NFtest_tlbr
• createL() : NFtest_tlbr
• createR() : NFtest_tlbr
• createReactionRNAdegrades() : NFtest_transcription
• createReactionRNAtranscribed() : NFtest_transcription
• createReactionXDephos() : NFtest_ss
• createReactionXYbind() : NFtest_ss
• createReactionXYunbind() : NFtest_ss
• createReactionYphosX() : NFtest_ss
• createRNA() : NFtest_transcription
• createSystemDumper() : NFinput
• createUnbindingRxns() : NFtest_tlbr
• createX() : NFtest_ss
• createY() : NFtest_ss

- f -

• FindReactionRuleSymmetry() : NFinput

- g -

• generateRxnPermutations() : NFinput
• genRot3dAboutAxis() : ChemotaxisUtil
• genRotFromAngles() : ChemotaxisUtil
• genUniformRandRotation3d() : ChemotaxisUtil

- i -

• initFunctions() : NFinput
• initializeFromXML() : NFinput
• initMoleculeTypes() : NFinput
• initObservables() : NFinput
• initParameters() : NFinput
• initReactionRules() : NFinput
• initStartSpecies() : NFinput

- l -

• lookup() : NFinput

- p -

• parseArguments() : NFinput
• parseAsCommaSeparatedSequence() : NFinput
• parseAsDouble() : NFinput
• parseAsInt() : NFinput
• parseSequence() : NFinput

- r -

• RANDOM() : NFutil
• RANDOM_CLOSED() : NFutil
• RANDOM_GAUSSIAN() : NFutil
• RANDOM_INT() : NFutil
• readObservableForTemplateMolecules() : NFinput
• readPattern() : NFinput
• readPatternForSymmetry() : NFinput
• readProductPattern() : NFinput
• readRNFfile() : NFinput
• run() : NFtest_transcription , NFtest_ss , NFtest_tlbr
• runRNFcommands() : NFinput
• runSystem() : NFtest_tlbr

- s -

• SEED_RANDOM() : NFutil

- t -

• test() : NFcore
• test_simple() : NFcore
• test_tree() : NFcore
• toString() : NFutil
• trim() : NFutil

- w -

• walk() : NFinput

---